铃木次郎吉自上次败给怪盗基德后，始终耿耿于怀，心底憋着一股不服输的劲头。素来争强好胜的他绝不甘心次次屈居于怪盗之下，索性斥下巨资，亲手打造出巨型飞行飞船——贝尔·雪利二世号。
这一次，他精心设下全新的终极挑战。飞船将横跨东京至大阪的空域，全程六小时航程。他将一枚镶嵌顶级名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作为赌注，公开向怪盗基德发出预告挑战，赌对方无法在这短短六小时的封闭航程之内，成功夺走宝物。
为了减少基德变装混进来的可能，他只邀请了少数客人：江户川柯南、毛利兰、少年侦探团一众孩子，以及上次凭借敏锐直觉精准识破基德藏身处的小樱。同时为了将这场对决打造得万众瞩目，铃木次郎吉又邀请了日卖电视台全程跟拍报道。除此之外，以中森为首的警视厅搜查二课的警官们也将在宝石的周围戒备。
飞船启航当日，沢田纲吉专程送小樱来到起飞现场。少年身姿清挺舒展，一身简约干净的私服，更显温润干净，气质谦和柔和，站在人群里格外耀眼。
小兰与园子一眼便看见了兄妹二人。
铃木园子瞬间眼前一亮，忍不住小声赞叹：“哇——沢田同学穿私服也太帅了吧！”
在得知他是小樱的哥哥时，铃木园子眼睛一亮，当即热情招手，顺势发出邀请：“既然都来现场了，就一起上船看热闹嘛！空位多得很，多你一个完全没关系！”
纲吉推脱不过，笑着点头应允，顺势加入了众人的行列。
登船等候的间隙，众人随意闲谈，气氛轻松惬意。
园子想起之前午休时和世良、小兰的猜测，按捺不住心底的好奇，大大方方开口问道：“沢田同学，我们之前私下一直猜你的身世呢！”
她打量着少年矜贵从容的仪态，直白说出心底的疑惑：“你的气质和礼仪都带着十足的贵族风范！我从小接触日本各大名门财阀，几乎所有世家我都有印象，可从来没听过日本有沢田这个名门。我们之前还偷偷猜，你会不会是意大利那边的贵族呢！”
她问话直白坦率，全无豪门架子，大大咧咧的模样丝毫不让人反感。话音刚落，她又立刻自我推翻，喃喃补充：“但又很奇怪，小樱却一点这方面的痕迹都没有，你们明明是亲兄妹，差别也太大啦。”说着又觉得说错了话赶紧说：“我……我没有别的意思……”小兰也赶忙打着圆场。
纲吉闻言，比没有在意，漾开一抹温和无害的笑意，从容不迫地缓缓解释：“我不是什么贵族啦。只是父亲那边在意大利有一些家族产业，所以这两年我才去意大利留学读书。”
“至于礼仪气质，”他轻描淡写地带过，“也不是从小培养的，算是临时现学的。”
“现学的？”园子满脸不信，连连摇头，“完全不像啊！哪有人临时学的礼仪能这么自然得体，一举一动都恰到好处。”
沢田纲吉只是浅浅一笑，语气坦然温和：“是教导我的老师太过严格了，训练得比较细致，久而久之就习惯成自然了而已。”
一番话语坦诚温和，众人恍然大悟。
贝尔·雪利二世号平稳升空，缓缓穿梭在澄澈的高空云海之间。
巨大的悬窗通透明亮，将整片蓝天与地面渐次缩小的城市景致尽数收纳眼底。众人俯身透过玻璃，惬意俯瞰脚下流动的风景，高空独有的开阔景致，让人心情愈发舒展轻松。
船舱之内，日卖电视台的三名工作人员正忙着四处取景拍摄。三人分别是制作人水川正辉、随行记者西谷霞，以及负责全程跟拍的摄影师石本顺平。三人一路边走边拍，熟练记录着飞船内部场景与本次对决的准备细节，撞见铃木次郎吉后，立刻快步上前恭敬寒暄。
被其抱怨起今日的媒体阵势，三人都带着几分无奈与惋惜。原本铃木次郎吉为这场基德对决敲定了专属宣传资源，甚至预备借此机会拍摄个人自传宣传影片，铺好了全部曝光渠道。可如今现场媒体寥寥无几、声势冷清，原定的拍摄计划尽数搁置，完全没能成行。
铃木次郎吉面色不耐，满心烦闷地皱起眉头。
其中缘由在场众人心知肚明：七天前，神秘恐怖组织「红色暹罗猫」悄然作案，潜入研究所盗取了极度危险的致命细菌，并且公开放下嚣张的犯罪宣言——今日便是他们设定的最后通牒期限。
这起危及全城安危的恶性恐怖事件，瞬间抢占了所有舆论焦点。各大新闻媒体为了追踪热点、抢占头条，几乎将所有人力、设备、资源全数倾斜到红色暹罗猫的案件上。也正因如此，铃木次郎吉精心筹备已久、对战怪盗基德的盛大对决，硬生生被挤下了所有头版头条。
一旁安静伫立的沢田纲吉心底骤然紧绷，超直感的预警疯狂作响。他四下观察，发现日卖电视台的记者、摄影师身上，皆隐隐透出刻意压制的阴冷恶意，不止于此，现场随行的自由撰稿人藤冈隆道、一名女性工作人员身上恶意清晰外露，还有一名男性服务员神态看似自然，周身气场却违和怪异。
就在这时，身侧的小樱轻轻抬手，悄悄拉住了他的衣袖，小脸微敛，压低声音凑近他耳边，笃定低语：“哥，那个男服务员是基德伪装的。”纲吉眼底微光一闪，瞬间了然。
他全然信任妹妹的感知，没有丝毫迟疑，和小樱不动声色地缓步上前，恰好堵住对方退路，顺势轻声拆穿了他的伪装。被一眼识破身份的怪盗基德也不掩饰，无奈失笑：“我不会又是被直觉给发现的吧。”随即坦然褪去伪装。
纲吉没有多寒暄，开门见山：“其实我们方才察觉到……”，坦言“希望你能够帮助我们应对眼前潜藏的危机。”基德耸肩：“你凭什么认为我会帮忙呢？”发现沢田兄妹瞪大眼睛眨巴的看着他又改口：“我知道了，我帮你们。”语气尽显放弃妥协。
基德又好奇追问二人：“你们能提前预判，知道那几人有问题？”沢田纲吉与小樱兄妹相视一眼，异口同声，坦然答道：“当然是直觉。”
基德无奈扶额。
短暂的隐秘交涉落幕，众人恰好参观完观景台与核心展柜中璀璨夺目的“天空的贵妇人”宝石，跟随人流前往飞船餐厅休整用餐。
餐厅内氛围尚且松弛，小樱走到柯南和灰原哀身边，将方才发现的疑点以及和基德达成合作的事告知二人。就在此时，铃木次郎吉的手机骤然响起。电话那头传来陌生声音“我已在飞船吸烟室散播致命细菌，不相信的话可以左侧沙发的下方。”待他将电话悉数说出，全场哗然。
在层层严密安保防护之下，搜查二课的两名警察立刻赶赴吸烟室排查，果然在沙发底下搜出一枚已经开启的安倍瓶。
恐慌尚未彻底蔓延，之前被纲吉暗自怀疑过的自由撰稿人藤冈，突然凄厉大喊起来，然后一边说着“救救我，我不想死。”一边朝着人群走来。只见他露出皮肤上成片突兀的红疹，一副身受感染、痛苦不堪的模样。周围宾客瞬间惊惧不已，下意识连连后退，人人面露惶恐，唯恐被感染。
唯独沢田纲吉、小樱、柯南、灰原哀与基德几人神色未变，心底同时打上大大的问号。整件事时机太过巧合，有着明显表演痕迹，根本不像是真实细菌感染的突发状况。
混乱之际，柯南猛然心头一紧，发现身旁的少年侦探团几个孩子不见了踪影。他顾不上眼前的乱象，立刻转身快步寻找，最终在飞船最顶层的空旷区域找到了元太、步美与光彦。
可还未等他松一口气，危险骤然降临。顶层的密闭舱门被人从内部打开，一群手持制式武器、面色冷厉的武装歹徒，顺着舱门缓步走下，杀气腾腾。
柯南心脏骤然紧缩，立刻捂住身后几个孩子的嘴，带着众人蜷缩隐蔽。他一边偷听歹徒之间的零碎对话，一边快速拿出通讯设备，悄悄通知灰原哀：“灰原，有人将几个武装分子放进来了，你那边要小心，盯紧那几个人。”挂掉电话，看着眼前这些人一边不断搜集他们对话中的关键词，又不断想着各种制服他们的办法。
危急关头，沢田纲吉与尚未完全卸下伪装身份的基德同步闻讯赶来。几人无需多余交流，瞬间达成默契，配合无间地冲上前，几番利落缠斗，合力将一众武装歹徒尽数制服，控制住现场局面。
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着柯南熟练使用各种迷你道具、精密器械辅助制敌、探查局势的模样，沢田纲吉心底忍不住涌起满满的吐槽欲。这五花八门、花样百出的小型道具让他生出不少既视感，莫名联想到家里那个总是乱放炮、不靠谱的蓝波，只是相较之下柯南要可靠得多。
风波暂时平息，柯南从被制服的武装分子身上搜出手机，并告知众人自己“这艘贝尔·雪利二世号上，被提前安置了炸弹。必须马上找到并拆除。”
事态紧急，众人不敢耽搁，少年侦探团的孩子们也分头行动，帮忙寻找，众人齐心协力在飞船各个隐秘角落排查搜寻，最终顺利找到炸弹并紧急处理，解除了爆炸危机。
之后众人又匆匆返回主船舱，心头尽数沉凝。方才顶层的武装袭击、暗藏的炸弹危机，尽数印证了纲吉最初的预判。几人立刻将顶层发生的所有变故，全盘告知搜查二课的中森警部，全员暗自戒备全场可疑人员。
果不其然，之前暗藏恶意、被纲吉提前锁定的电视台记者、摄影师，以及那名气息诡异的女服务人员，见同伙尽数被擒、事态彻底败露，骤然暴起发难，意图制造混乱、强行突围。
但他们一举一动早已被众人紧盯戒备，刚刚动作，便被提前设防的几人迅速合围，眨眼之间尽数制服，毫无反扑余地。
众人转移至藤冈谎称感染后被隔离的吸烟室门口。柯南思路清晰，拿出从武装分子处缴获的手机，翻找出设备里近期联络频繁的通话记录，当场按下回拨。
清脆的铃声骤然从吸烟室门内响起，真相已然大白，所有人心中瞬间有数，当场将藤冈抓获。藤冈依旧不死心：“妄图狡辩脱罪，我只是无辜被细菌感染的受害者。”还扬言威胁：“你们就不怕被我传染吗。”柯南拿出手机，“这是我们从抓获的那群武装分子老大身上搜到的，这里有很多同一个人的电话。”并带他亲眼看见全部被抓获的同伙，再无辩驳余地，只能低头认罪。
经过警方紧急审讯，完整真相终于水落石出。所谓红色暹罗猫盗取致命细菌、发布末日通牒，从头到尾都是一场刻意伪造的假象。
这群犯罪分子根本无意散播细菌、制造灾难，他们假意制造恐怖危机，只为吸引全城警力、媒体视线，借“在飞船投放细菌”的流言制造巨大社会混乱，迫使沿线地区警力、民众撤离。
他们真正的目的，是趁趁此混乱伺机盗取位于飞船航线上的奈良县当地佛寺的珍贵国宝佛像。
中森警部立刻向上级上报全部案情，迅速联动地面警力布下天罗地网，最终将飞船上涉案歹徒，以及其在港口负责接应和转运佛像的同伙一网打尽，全部抓捕归案。
一场裹挟着伪装恐慌、武装袭击、炸弹危机的云端阴谋，就此彻底落下帷幕。
贝尔·雪利二世号平稳落地，船上潜藏的一众犯罪分子尽数被警方带走审问，笼罩在高空之上的重重危机彻底烟消云散。
这场惊险跌宕的云端风波过后，沢田纲吉、毛利兰与铃木园子之间，早已褪去初识时的生疏隔阂，彼此结下了真挚的友谊。
此前，园子还只是单纯觉得纲吉长相温润帅气，满心好奇他神秘的出身与得体礼仪；小兰也仅仅将他视作小樱温柔可靠的兄长、新来的同班转学生。可在飞船上携手经历层层险境，所有人都亲眼见证了纲吉的可靠与温柔。
当一众武装歹徒突袭，是他毫不犹豫冲上前和众人一起制伏敌人；面对园子直白好奇的追问，也始终温和耐心，坦然解释自身经历，待人真诚坦荡。
世良真纯在知道事情的全部经过后，后悔当天没有应邀。
园子也不再只是单纯花痴他的外貌，由衷认可了这位温柔可靠的少年。时常主动拉着纲吉闲聊，偶尔还会热情邀约纲吉、小樱一同参加各类展览、活动，兴致勃勃和他分享铃木财团各类新奇藏品，大大咧咧的性子相处起来格外轻松自在。
毛利兰性子温柔细腻，十分欣赏纲吉沉稳体贴的性格。两人偶尔会聊起学校日常、同班琐事，小兰也会时常关心小樱的生活，遇到社团活动、班级集体出行，总会贴心地一并邀请纲吉同行。